Vampire Knight è ambientato principalmente nella Cross Academy, una prestigiosa scuola privata con una quanto meno insolita struttura delle classi. Gli studenti sono infatti divisi fra: la Day Class, che è composta da normali studenti e svolgono le loro lezioni di giorno, e la Night Class, che è un'élite di geni bellissimi, che in verità sono vampiri. Solo tre persone della Day Class sono a conoscenza di questa seconda faccia della Night Class: il preside e i due "Guardian", Yuki Kurosu (Cross), la protagonista, e Zero Kiriyū. Il compito di Yuki e Zero è di assicurare una convivenza pacifica fra le due classi.